Bedeutende bauliche Veränderungen erfuhr die Burg dann unter dem Trierer Erzbischof Johann II. von Baden (1456-1503).
Er ließ 1481/82 einen 56 m tiefen Brunnen anlegen und errichtete ein dreistöckiges Wohn- und Verwaltungsgebäude, in dem neben mehreren Ritterstuben auch die Kanzlei und die Küche untergebracht waren.
Weitere bauliche Aktivitäten erfolgten unter dem Erzbischof Richard von Greiffenklau (1511-31).
In nachmittelalterlicher Zeit wurde der Ehrenbreitstein zu einer starken Festung ausgebaut und deshalb 1801 durch die Franzosen gesprengt. Nach 1815 erfolgte der Ausbau zu einer klassizistischen Festung durch Preußen, wobei die letzten mittelalterlichen Baureste beseitigt wurden.
Seit 1970, nach dem Übergang der Festung an die staatliche Schlösserverwaltung Rheinland-Pfalz, laufen umfangreiche, durch Kriegsschäden, Verwitterung und neue Nutzungen bedingte Instandsetzungsarbeiten.